Trükiste kõrval on Rahvusarhiivi raamatukogus hoiul ka eri aegadest pärinevat käsikirjalist materjali, mis on peamiselt koondatud Ks-tähisega fondi. See sisaldab käsi- ja masinkirjas ümberkirjutusi, majandus-, statistika- ja õigusalaseid ülestähendusi, hiljem ilmunud raamatute käsikirju. Eraldi rühma moodustavad päevikud ja mälestused. Nendest võib esile tuua baltisaksa orientalisti ja kirjaniku Otto Friedrich von Richteri (1791–1816) Egiptuse ja Nuubia reisipäeviku aastatest 1814–1815. Päeviku teine osa aastaist 1815–1816 asub Kuremaa mõisa arhiivifondis. Mälestustest võib mainida Woldemar von Bocki (1816–1903) käsikirja „Erinnerungen 1841–1865 an Fürst Paul Lieven“ või Eesti Vabariigi haridusministri Aleksander Veiderma (1888–1972) mälestusi. Masin- ja arvutikirja ajastul on käsikirjade fond täienenud genealoogide ja kodu-uurijate uurimuste ja tudengitöödega.
Käsikirjakogu vaieldamatuks pärliks on Stam Bvich Geistlichen vnnd Weldtlichen Sachen – 16. sajandi lõpu ja 17. sajandi alguse flaami vasegravüüride kogu koos käsikirjaga. Teos koosneb 392 lehest; sellest umbes kolmandiku moodustavad vaimuliku, mütoloogilise või ajaloolise süžeega vasegravüürid, mida on kokku 138. Nahkköite esikaanel on kuldtrükis tiitel ja Bernhart Hugeni nimi – see võis olla käsikirja autor või omanik. Köide ja raamatu sisu viitavad esmavaldaja kõrgele haritusele ning jõukusele. Gravüürid on valitud nimekate meistrite tööde hulgast ning ka raamatu köide on teostatud meistrikäega. Tagakaanele märgitud aastaarv 1621 lubab arvata, et tegemist on vana originaalkunstiga. Köite omanikest kaks on sinna jätnud oma jäljed. Köite siseküljel leiduv märge viitab kuulumisele Eestimaa Kirjanduse Ühingu raamatukogule. Teine sissekanne leidub kolmanda lehe, s.o surmavapi gravüüri alaserval: Ex donatione Domini Cristophori Krechter, Senatoris meritissimi, hunc librum possidet Bibliotheca Curiae Revaliensis. Sellest selgub, et Christoph Krechter (1672–1745) – Tallinna kaupmees, raehärra ja 1739. aastast alates linnapea – annetas oma raamatu linna rae raamatukogule. Ilmselt arvas ta A. D. märgi järgi gravüüril, et tegemist on renessansskunsti suurmeistri, saksa maalikunstniku ja graafiku Albrecht Düreri (1471–1528) ehtsa tööga ning kirjutas pühenduse enda arvates kõige väärtuslikumale lehele. Tegelikult on selle gravüüri autor Hieronymus Wierix (1553–1619), flaami joonistaja ja graveerija, kes juba 14-aastaselt valmistas Albrecht Düreri tööde koopiaid. Wierix tegi koos oma kolme vennaga koostööd Philipp Galle (1537–1612) perekonna kirjastusega, mis oli graafika tootmise keskus Antwerpenis. Galle kirjastuse vahendusel loodud gravüüre on kõnealuses raamatus tõenäoliselt 71. Osa gravüüre andis välja teine suur kirjastus, mis kuulus Passede perekonnale. Selle rajajaks oli Crispin I Passe (1564–1637), maalikunstnik, joonistaja ja graveerija, kellega koos töötasid ka tema pojad. Passedelt on kogus 28 gravüüri. Kahjuks jääb terve hulk gravüüre täpsemate autoriandmete puudumise tõttu täiesti määramata.
Käsikirja tekst on gravüüridega vahetult seotud. Autor on kirjutamiseks sageli kasutanud gravüüride tagakülgi ja leheservi, tekst kajastab piltide süžeed. Raamatu mahust umbes kaks kolmandikku hõlmavas käsikirjas peatub autor muu hulgas põgusalt Habsburgide impeeriumi varasematel valitsejatel (alates 9. sajandist). Põhjalikuma vaatluse alla võtab ta sõjad türklastega 15.–16. sajandil, türklaste valitsejad ning selle rahva eluolu eri valdkonnad.
Köite on restaureerinud Marian Habicht. Siinse kirjelduse aluseks on tema artikkel „Käsikirjalise gravüürideraamatu (1621) restaureerimisest“, mis ilmus ajakirjas „Renovatum anno 1989“.
Medicite perekonna tegusid (1583). Sarjas on 21 Itaalias tegutsenud flaami maalikunstniku Jan van der Straeti (1523–1605) järgi valmistatud lehte.
Sari Vita beati P. Ignatii Loyolae (1610). Hispaania vaimuliku jesuiitide ordu rajaja Ignatius Loyola (1491–1556) elulugu. Sarjas on 15 lehte.
Kaks kuningat. Graveeris Matthäus Merian(1593-1650) prantsuse kunstniku Jacques Bellange (1575-1616) järgi.